Obecny kościół, noszący wezwanie św. Józefa (wcześniej Nawiedzenia NMP oraz św. Stanisława Biskupa i Męczennika oraz św. Stanisława Kostki), zbudowany został w wieku XVII. Jego budowa trwała bardzo długo. Było to spowodowane tym, że gdy zmarł biskup Andrzej Trzebnicki, który wydał zezwolenie na budowę kościoła, należało uzyskać takie samo zezwolenie od następnego biskupa. W międzyczasie, jak mówi legenda, śmiertelnemu wypadkowi na placu budowy uległ jeden ze wznoszących świątynię robotników. Jak wymagał wówczas zwyczaj, w sytuacji takiej należało prace przy budowie przerwać na czas jednego pokolenia.

Świątynię konsekrował w roku 1749 ks. Biskup Jędrzej Stanisław Kostka Załuski, co upamiętnia tablica w przedsionku kościoła. Kościół ten był wielokrotnie remontowany i odnawiany. W 1803 roku do zakrystii dobudowano pięterko, zaś w latach 1930, 1963-66, 1986 i 1999 (ów ostatni remont podjęty został jako dziękczynienie za 2000 lat weścijaństwa i upamiętnienie szóstej pielgrzymki Ojca Świętego do Ojczyzny, o czym mówią napisy na suficie prezbiterium) miały miejsce prace konserwatorskie w środku i na zewnątrz świątyni.

Jest to budowla jednonawowa, orientowana, z prezbiterium zamkniętym półkoliście. obu stronach nawy znajdują się dobudówki: zakrystia i kaplica Miłosierdzia Bożego (dawna zakrystia). Do kościoła prowadzi wejście, ozdobione zabytkowym portalem.

Wnętrze świątyni zdobi aż dziesięć ołtarzy. Ołtarz główny pochodzi z lat 40. XIX w. i wykazuje cechy klasycystyczne. Znajduje się w nim zabytkowa XV-wieczna rzeźba Matki Bożej z Dzieciątkiem, zasłaniana barokowym, XVIII-wiecznym wizerunkiem św. Józefa.

W antependium (podstawę) ołtarza wprawiony jest kurdyban (bogato zdobiona, tłoczona w rozmaite wzory skóra wielbłądzia, preparowana w Kordobie w Hiszpanii), przywieziony do Muszyny przez uczestniczące w potrzebie wiedeńskiej oddziały, dowodzone przez hetmana Jabłonowskiego.

Na ołtarzu ustawione jest cenne, renesansowe (1600) tabernakulum w kształcie świątyni jerozolimskiej, ozdobione płaskorzeźbą Zwiastowania.

Po obu stronach prezbiterium znajdują się dwa wczesnobarokowe ołtarze boczne, pochodzące prawdopodobnie z 1618 roku. Mogły one stanowić wyposażenie starego kościoła.

W prawym (od strony wejścia do kościoła) mieści się XVIII-wieczny obraz św. Jana Chrzciciela na pustyni, w lewym malowidło (z tego samego okresu) przedstawiające śmierć św. Józefa. Obraz ten uważany był za słynący łaskami. Ufundowany został przez mieszkańca Muszyny, Stanisława Homiaka, w roku 1634, o czym świadczy napis w dolnej części obrazu. Ołtarz natomiast wykonany został przez mistrza noszącego miano Quartus (czyli Ćwiartka, lub, jak można przypuszczać, Ćwierciak). Artysta ten zrobił również ołtarze do kościoła w Podolińcu i do Kaplicy Zygmuntowskiej na Wawelu. Świadczy o tym jego monogram, układający się w cyfrę 25 (czyli właśnie ćwiartka), umieszczony na ramującej obraz ołtarzowy listwie. Te same znaki widnieją na ołtarzu św. Jana.

Na szczególną uwagę zasługuje późnobarokowa, oryginalna chrzcielnica z końca XVII w., podtrzymywana przez dwa anioły. Za chrzcielnicą umieszczony jest obraz Chrztu Pana Jezusa w Jordanie.

Po drugiej stronie nawy znajduje się późnobarokowa ambona. Wieńczy ją figurka św. Michała Archanioła, ważącego ludzkie czyny. Poniżej, w niszach, znajdują się niewielkie figurki Ewangelistów, zaś kosz ambony ozdobiony jest wizerunkami nauczającego Jezusa. Przedstawione są na nim następujące sceny: trędowaty proszący Jezusa o uzdrowienie, Jezus nauczający z łodzi, spuszczanie paralityka przez dach do domu Piotra, by tam uzdrowił go Jezus.

Nad wejściem do kościoła znajduje się ufundowany niedawno przez mieszkańców Muszyny witraż, przedstawiający św. Józefa. U stóp Świętego znajduje się kościół muszyński, osłaniany płaszczem swego Patrona.

Na chórze umieszczone są organy, przywiezione w 1946 roku ze zniszczonego kościółka śląskiego.

W zakrystii znajdują się niedawno odnowione, XVIII-wieczne portrety biskupów krakowskich, dobrodziei kościoła: Piotra Gembickiego i Andrzeja Kałuskiego.

Na uwagę zasługują również dwa obrazy zdobiące wnętrze kościoła - Maria Magdalena, namaszczająca stopy Jezusowi (nad wejściem do zakrystii) i św. Anna Samotrzecia (nad wejściem do kaplicy).

Prezbiterium od nawy głównej oddziela tęcza z przełomu XVII/XVIII w., na której widnieje krzyż z postacią Pana Jezusa. Pod krzyżem stoi Matka Boża i św. Maria Magdalena. Łuk tęczy ozdabiają wizerunki narzędzi Męki Pańskiej, zaś od spodu podwieszona jest chusta św. Weroniki z obliczem Chrystusa.

Prezbiterium ozdabia wykonana przy okazji ostatniego remontu polichromia, ukazująca Zwiastowanie, narodzenie Pana Jezusa i ofiarowanie w świątyni.

W kaplicy bocznej mieści się neogotycki ołtarz z obrazem Pana Jezusa Miłosiernego, ze znajdującymi się w nim relikwiami św. Faustyny Kowalskiej, przypominający ołtarz kaplicy w sanktuarium w Łagiewnikach.

Obok niego, na ścianie, zawieszone są figurki św. Otylii i św. Jadwigi Śląskiej, pochodzące z około 1470 roku. Przywędrowały do Muszyny z katedry na Wawelu, wraz z rzeźbą Matki Bożej z ołtarza głównego.

Po lewej stronie ołtarza znajduje się relikwiarz z relikwiami św. Faustyny, zaś obok niego - obraz Świętej. Trzeba nadmienić, iż w Muszynie kult Bożego Miłosierdzia jest bardzo rozwinięty - codziennie odmawia się tu Koronkę, zaś co drugą niedzielę odprawia się nabożeństwo do Miłosierdzia Bożego. W tej właśnie kaplicy, w każdy I piątek miesiąca, odbywa się wystawienie Najświętszego Sakramentu i Adoracja.